Se puede guardar la lista de los paquetes .deb instalados para instalarlos tras un formateo o en un nuevo ordenador.
Para generar la lista sería:
dpkg --get-selections "*" > /root/paquetes_instalados.txt
Para cargar la lista e instalarlos:
dpkg --set-selections < /root/paquetes_instalados.txt
apt-get -u dselect-upgrade
apt-get -u dselect-upgrade
Si queremos limpiar la selección de paquetes:
dpkg --clear-selections
Fuente: http://www.howtoforge.com/record-installed-deb-packages-in-a-text-file-ubuntu-debian