Windows 7 y Vista sólo dejan formatear discos en NTFS desde su Administrador de Discos.
Si queremos formatear en FAT32, hasta un límite de 32GB, podemos hacerlo desde cmd con privilegios de administrador y poniendo:
Esto formatearía f: de forma rápida.
Otra alternativa y para tamaños mayores de 32GB es fat32format (para descargar directamente, aquí)
Como viene en su página, debemos descomprimir el .exe y luego ejecutarlo desde cmd con privilegios de administrador y poniendo:
Esto formatearía f: