Para deshabilitar un servicio conocía update-rc.d pero era demasiado intrusivo porque eliminaba los enlaces simbólicos a los /etc/rcX.d y si querías volver a habilitarlo tenías que saber en qué runlevels y con que prioridad estaban.
Para hacerlo más sencillo existe la herramienta sysv-rc-conf que se instala desde APT. Se puede ver la lista de los servicios y su estado con:
sysv-rc-conf --list
Para deshabilitar un servicio:
sysv-rc-conf nombre_servicio off
Para habilitarlo, mismo comando pero cambiando off por on. El habilitarlo mantiene los runlevels y sus prioridades, que es lo ideal.
Fuente: http://www.debian.org/doc/manuals/securing-debian-howto/ch3.en.html#s-disableserv