Se puede examinar fácilmente el sistema en buscar de rootkits. Para ello existe la herramienta rkhunter.
Se encuentra en los repositorios de Debian, asíque es fácil instalarla: aptitude install rkhunter
Ahora haremos un update seguido de la comprobación:
rkhunter --update
rkhunter --check
rkhunter --check
Para una comprobación no interactiva: rkhunter --check -sk
Cuando acabe, dejará un log en /var/log/rkhunter.log
Espero que no tengáis nada raro!