Para banear una lista de IPs que tengamos en un archivo, crearemos el siguiente script:
#!/bin/bash
while read ipaddr
do
/sbin/iptables -I INPUT -s $ipaddr -j DROP
done < /path/to/blacklist | sort | uniq
while read ipaddr
do
/sbin/iptables -I INPUT -s $ipaddr -j DROP
done < /path/to/blacklist | sort | uniq
Fuente: http://serverfault.com/questions/239938/multiple-ip-ban-read-from-file-ips-ban-in-iptables